とりあえずやっつけておきました。
補助魔法がかかった状態にできなかったので(ちゃんと調べればできるとは思いますが)その辺り抜けてますが、旧作と比べると分かりやすい作りになってますので多分問題ないかと。

一方で「○○の賛意」とか「第○幕クリア」とかちゃんとアイコン埋めてますけど、こちらはセーブデータをいじってフラグを立てたものではありません。
セーブデータを「中途半端に不正な状態」にするとそこのアイコンが埋まった状態が見られるようになるので、とりあえずそこから補填しました。単なる見栄え重視で。

ちなみに「完全に不正な状態」にするとセーブデータが見えなかったり、ロードしようと思ってもキャンセルされたり、ロードが始まっても永遠に終わらなかったり、場合によってはゲームが不正終了したり。
チェックが割としっかりしているのか、この辺りは旧作と比べてかなりシビアになっています。
できればマップ変更くらいできるようになると、今後の調査がぐっと楽になるんですが。