「ランス」の記事がリンク切れしているとのご報告を受けました。
可能性として考えられるのは

1.サーバ上で消失した。
2.FTPのアップに失敗して消失した。
3.手動で消した後アップし忘れた。

ですが原則として上書きしかしませんし、ごく最近(3/19)に全ファイルそれしてますのでまず3.は有り得ないなと。
2.も途中でエラーが出たら再度最初から全アップしますので可能性としては低いです。
なので多分1.が起きたのではないかと。放置気味の古いサイトではよく聞く話ですし。

んー…SSL接続のみの仕様になってなければ自前で自動チェックツールでも組んでみるんですけどね。
HTTPでも同じことはできますけど、ちょっとサーバに負荷かけてしまいますし。
とりあえずファイル総数だけでもたまにチェックしておけってことですね。