結局一定ブロックごとに等間隔に切りました。
当初は予定通り地域ごとに切って作業を進めていたのですが、やはり形状的に上手く切れない地域があったり、大きすぎて座標の視認が難しかったり、それぞれのブロックの端っこが被ってしまう場合同じ説明を複数ページに書く羽目になりそうだったりで結局これに落ち着きました。

エリアは20x20の大きさで切ってあります。
1～5が16x16なので、若干大きめですね。それでもA～Gとちょっと横に長めです。
20x20としたのは視認のしやすさを考慮してのものですが、端数調整のため0基点としていないのでそれほど意味はなかったかもしれません。

以前掲載した「ワールドマップ上のダンジョン座標」についてはそれぞれのエリアのページを開いてもらうと確認できます(全体の一覧はなくなりました)。
あと、「デンジャラスな洞窟」「謎のクリプト」「沈没船」に関しては予定通り「地域名の○○」という表記にさせていただきました。
ゲーム中表記と異なるので若干混乱するかもしれませんが、同じ名前でリンクが並ぶよりはずっと良いかと思います。

あと現時点でどこのエリアに属するか不明なダンジョンは便宜上別のフォルダにまとめてあります。
どうもおまけのクエスト？でNPCに話しかけると行ける？ようなのですが、そのNPCの場所すら特定することはできませんでした。
ダンジョンに入った時の初期座標の取得の仕方も分かりませんし、この辺りの確認作業はかなり大変なことになりそうです。