かどうかは断言できませんが、パッチを充てても直りませんでした。

考えられる原因としては、セーブデータのXY座標をいじる前と後でZ座標が微妙に違っていた可能性。
どうもこのゲーム、Z座標は相対で指定されているみたいでして、例えば高地でセーブして座標いじって再開すると、地下や海中にめり込んでいた…なんてことが以前よくありました。
それでもオブジェクトには問題なく干渉できますし、屋内ならこのようなことはほとんどないのでさほど気にもしてませんでしたけど、その微妙な高さの違いで浮島に乗り移れなかったのかなと。

まあ色々と戻って確認したい事項もあったので、一旦リセットして最初からやり直してみましょうか。
さすがに玄室に入る時くらいは座標操作しますけど、目前まで行って1歩進む程度なら多分大丈夫でしょう。
ダメならトークンの所持データを探していじって入ってみます。
地のシャードが手に入るので、これを元に改竄するのが楽そうですね。もちろんその後上書きセーブはできませんが。

ただその前にパッチの修正点を確認しませんとね。
とりあえずデータとして使用しているファイルを全て比較してみて、変更があった場合それを記事に反映させませんと。
うーん…次のマップ更新はかなり先になりそうです。