どうやら消失してたのは竜の洞にロイズビーコンを仕掛けた時の2個だけで正解だったみたいです。

入手できなかったAFは
・エヴァーストライク
・ブラックハート
・スヨラッド
・スペンサーの服従
の4つ。

エヴァーストライクとブラックハートは固定で入手できるものですし、多分黒箱からは出ないんでしょう(グリーンマンとグングニールの例外がありますけど)。
スヨラッドはクエストアイテムになってますけど…どこで手に入るんだろう？
そしてスペンサーの服従…これが謎ですね。ヴェルホッフィンの廃墟に足を踏み入れた覚えはありませんし、他は近づいてすらいませんし。

後者2つ、もしかしてデータとしてあるだけなのかなぁ……。