「新しいインフラへの移行」に伴う副作用といいますか。
どうやら新しいOSだとこれまでできていたことができなくなるとかそんな感じのようです。
とりあえず変更される点だけを抜粋して以下に引用します。

機能名	無料プラン
サーバーディスク容量	容量無制限→500MB
アップロードできるファイル数	10,000ファイル→無制限
.htaccess※アクセス制限（Limit）	廃止
CMS機能［かんたん管理ページ］	廃止
ファイルアップローダー	廃止
ケータイサイト振り分け機能	廃止

ディスク容量は基本100MBから厳しい審査を通るごとに100MBずつ増えていくという仕様でしたので、500MB固定というのはむしろ緩くなる方の方が多いです。
なお現時点で300MB以上使っている人は、現上限の2倍で固定となるそうです。

その他の廃止も特に使う機能ではないので問題はないでしょう。
.htaccessについても忍者バリアーで代替できますし。